南山博物馆、南头古城博物馆和天后博物馆
深圳市南山博物馆是经南山区委区政府批准成立的大型文博机构，运营管辖场馆面积约50000平方米，是目前全国规模最大的区县级博物馆之一。负责运营南山博物馆、南头古城博物馆和天后博物馆三家国有博物馆，以及南头古城内9处微型博物馆。负责管理陈郁故居、宋少帝陵。负责保护修缮南头古城垣、南头城南城门和东城门、东莞会馆、报德祠、信国文公祠、新安县衙、关帝庙等文物保护单位及历史建筑。承担着南山历史、人文研究工作，负责南山区域出土文物的收藏和研究，同时注重古代海上丝绸之路和广府区域历史遗存的收藏整理工作。南山博物馆已形成“讲好中国故事、展现世界优秀文化”的特色办展思路，力求将博物馆打造成为粤港澳大湾区内最具特色、最有活力、最有魅力的一流博物馆。
（一）南山博物馆，属大型综合类博物馆。占地面积约19000平方米，建筑面积约36000平方米，展厅总面积约7000平方米，可以承接最高规格和要求的国际、国内专业博物馆的文物类展览，以及近当代艺术类展览。本馆共设有展厅7个，其中常设展厅3个，通过“南山故事”展览，全面展示南山从深港历史文化之根到改革开放先锋，并发展成为粤港澳大湾区中创新型现代化海滨城区的光辉历程；临时展厅4个，最大的展厅约为1900平方米，每年开展专题临展6-10个。系深圳市爱国主义教育基地。
（二）南头古城博物馆，属地志类专题博物馆。建筑面积近630平方米，位于南头古城外西南侧，紧邻深南大道。南头古城博物馆设有三个展厅展示深圳1700年的城市发展史，展出了300余件文物，叙述了从东晋咸和六年（公元331年）起源的深圳城市史，充分阐明南头古城是深、港、澳地区的历史源头。系国家三级博物馆和广东省爱国主义教育基地。
（三）天后博物馆，属专题性民俗类博物馆。位于深圳市赤湾片区，背靠南山，面向伶仃洋，占地面积28000多平方米，建筑面积8000余平方米。其前身为赤湾天后古庙，是古代海上丝绸之路的必经之地和重要一站，是明成祖朱棣敕封重修的天后宫，也是明清时期华南沿海地区规模最大、最具影响力的天后宫。天后博物馆建有牌楼、山门、大殿等古代建筑群，同时开设了赤湾天后古庙历史展、辞沙与海洋文化展等5个展厅，天后博物馆是珠三角收藏和研究天后宫文物和天后文化的重要机构，每年均举行辞沙祭祀大典和天后诞等大型民俗活动。属深圳市市级文物保护单位。
（四）陈郁故居纪念馆，属名人故居类纪念馆。坐落于深圳市南山区南山村，占地面积约310平方米，建筑面积约250平方米。陈郁故居由三间瓦房和一个小院子组成，始建于清道光年间，民国初年重建。在故居内设置“陈郁生平展览”， 陈列面积约70平方米。通过文献史料、图片和实物展现了无产阶级革命家陈郁同志光辉的一生。属深圳市市级文物保护单位和深圳市爱国主义教育基地。
（五）宋少帝陵，属文物保护单位。位于深圳市南山赤湾村旁，占地面积近2200平方米，是南宋最后一个皇帝宋少帝赵昺的陵墓，是广东省境内唯一的一座宋代皇帝陵寝。属深圳市市级文物保护单位。
（六）南头古城微型博物馆群，散落在深港城市源头南头古城内。为活化利用南头古城内文物保护单位，南山博物馆分别利用东莞会馆、报德祠、信国文公祠、新安县衙等文保单位和历史建筑，并租赁南头古城内场地举办“南头古城出土文物展”“广彩瓷展”“牌匾展”等内容丰富、形式多样的各类专题展览，形成极具特色的南头古城微型博物馆群。
